Guanaja marque le début de la deuxième plus grande barrière de corail au monde : la barrière de corail mésoaméricaine. Avec son mélange de pinacles, de parois verticales, de tunnels de lave et l'une des épaves les plus recherchées des Caraïbes, Guanaja est un véritable enchantement pour tous les plongeurs.
Guanaja abrite certains des récifs coralliens les plus sains des Caraïbes. Plusieurs espèces de coraux, dont le rare corail noir et de minuscules nudibranches à taches noires, font de ce système récifal un lieu idéal pour la macrophotographie. Il n'est pas surprenant que la région soit réputée pour ses sites de plongée de renommée mondiale.
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